原料清理目的是除去玉米中的鐵、砂、石、莖等非原料物質，保證設備正常運行，提高淀粉質量。玉米原料經斗式提升機輸送依次進入清理篩、磁選器等設備進行篩選、去石等凈化工序，凈化玉米計量后進入跳汰機進行濕法去石。

一般采用硫磺燃燒制取亞硫酸溶液工藝，通過三級洗滌確保尾氣濃度達標。根據當地情況，也可以使用液態二氧化硫或亞硫酸氫鈉等作為制酸原料。

浸泡是玉米淀粉生產的關鍵工序，浸泡質量直接影響出粉率和淀粉的質量。浸泡的目的是改變胚乳的結構和物理化學性能，削弱淀粉聯結、降低玉米籽粒的強度，浸出可溶性物質，并抑制微生物孽生。

含固形物的稀玉米除去雜質后進入廢熱蒸發系統進行蒸發濃縮至含固形物大于43%，加入纖維中一起烘干成蛋白飼料。蒸發器采用管束干燥機廢汽作為熱源，不需要添加生蒸汽。

浸泡后的玉米由濕玉米輸送泵經除石器進入濕玉米貯斗，再進入一級脫胚磨，將玉米破碎成4～6瓣，含整形玉米量不超過1%，并分出75%～89%的胚芽，同時釋放出20%～25%的淀粉。破碎后的玉米用胚芽泵送至一級胚芽旋流器，一級胚芽旋流器頂部流出的胚芽去洗滌系統，一級胚芽旋流器底流物進入二級脫胚磨，玉米破碎為10～12瓣，在此漿料中不含整粒玉米，處于結合狀態的胚芽不超過0.3%，經過二次破碎的漿料經胚芽泵送入二級胚芽旋流器，二級胚芽旋流器頂流物通過一磨儲罐重新進入一級胚芽分離器，二級胚芽旋流器底流漿料入細磨工序。

經過二次胚芽旋流器分離出胚芽后的稀漿料通過壓力曲篩，篩下物為粗淀粉乳，粗淀粉乳與纖維洗滌分離出的粗淀粉漿液匯合后進入淀粉分離工序；篩上物進入針磨進行細磨，以最大限度使與纖維聯結的游離淀粉游離出來。經磨碎后的漿料中，聯結淀粉不大于15%。細磨后的漿料進入纖維洗滌槽。

細磨后的漿料進入纖維洗滌槽，在此與之后的洗滌纖維的洗滌水一起送至第一級壓力曲篩。篩下分離出粗淀粉乳，篩上物再經過6級壓力曲篩逆流洗滌，洗滌工藝水從最后一級篩前加入，通過篩面，攜帶洗滌下來的游離淀粉逐級向前移動，直到第一級篩前洗滌槽中，與細磨后的漿料合并，共同進入第一級壓力曲篩，分出粗淀粉乳，該淀粉乳與細磨前篩分出的粗淀粉乳匯合，進入淀粉精制工序。

從細磨前曲篩和纖維洗滌曲篩分離得到的粗淀粉經除砂器、旋轉過濾器去除雜質后，進入麩質分離機，從麩質離心分離機得到的底流送至洗滌分離旋流器中進行洗滌精制。

精制后的淀粉乳采用刮刀離心機進行脫水，脫水后的淀粉通過氣流干燥進行干燥，成品淀粉至包裝車間。

排出的溢流物含有較多麩質，分離得到的輕質麩質（1.5～2%干物質）送至麩質濃縮機中濃縮到9%～12%，再經真空轉鼓過濾機或板框壓濾機脫水。脫水后的蛋白進入管束干燥機進行干燥，干燥后的蛋白輸送至包裝車間。

自一級胚芽旋流器頂部流出的胚芽，經三級曲篩洗滌后（含水85%），洗去粘附在胚芽上的濕粉顆粒，進入胚芽擠干機，經脫水后濕胚芽含水低于53%，去管束干燥機進行烘干后，胚芽風運至副產品倉庫先進行降溫冷卻處理，再進行包裝。

洗滌后的纖維經纖維擠干機脫水后再用管束干燥機進行干燥，干燥后的纖維飼料粉碎后通過風運冷卻系統送至包裝車間。